Il y avait un orgue à Sts-Pierre-et-Paul en 1525 (de Johannes Ludovicus WIGANDUS), et peut être même un autre, plus ancien, datant d'avant 1520.
En 1757, c'est auprès de Johann Friedrich ALFFERMANN de Landau que la commande pour un orgue neuf fut passée. Il commença la réalisation, mais mourut peu après.
En 1759, on demanda donc à Heinrich EGERS de continuer l'ouvrage, mais ils se montra incapable de maîtriser les difficultés liées à la réalisation d'un 3 claviers et s'enfuit de Wissembourg en 1763 laissant le tout en plan.
C'est donc à Dubois, facteur d'orgues à Kaysersberg que revient la tâche de finir l'orgue. Il y avait encore pas mal de travail, car l'essentiel de la tuyauterie est de Dubois, ainsi que le sommier d'Echo. On retrouve au Positif des tuyaux plus anciens, d'Alfferman, d'Egers, et même du 17 ème siècle (de l'instrument précédent ?), à aplatissages en ovale. Peu de temps avant sa mort, Louis Dubois acheva les grandes orgues en 1766.
L'orgue a été retouché au XIXème siècle par la manufacture Stiehr. En 1917, les tuyaux de façade furent réquisitionnés par l'armée allemande. Malgré les interventions successives des facteurs Kreiss de Molsheim et Roethinger de Strasbourg, il fut décidé en 1953 de construire un instrument neuf dans le transept nord de l'abbatiale. Cette décision aura au moins eu le mérite de sauver la disposition de l'orgue Dubois et la conservation de la quasi totalité du matériau sonore ancien.
Plus de détails sur l'histoire et la conception de l'orgue Dubois
Après deux ans de travaux de restauration, l'orgue Dubois s'est à nouveau fait entendre le 20 mai 2012, lors d'une inauguration inoubliable:
Du beau, du bon, du vrai !